La cripta de la Catedral de la Almudena fue lo primero que se terminó e inauguró de este templo religioso. En 1911 ya estaba abierta al culto mientras que para la consagración de la catedral hubo que esperar hasta 1993.
Como nota curiosa en uno de los capiteles esta esculpida la imagen de la virgen de la Almudena
El estilo de la cripta es neo-románico con influencias bizantinas. Destacan las suntuosas columnas mas de 500, pero especialmente, las cincuenta columnas monolíticas, (de una sola pieza), en la nave central y el crucero, notables por su tamaño, y sus capiteles todos diferentes, destacando los cuatro capiteles del crucero donde están representados los cuatro evangelistas San Lucas por un toro, San Mateo por un hombre, San Juan por un águila, y San Marcos por un León.
La Capilla Mayor del ábside es concebida a modo de templete. No tiene retablo. En el centro sobre un pilar se venera una imagen de Nuestra Señora de la Almudena, que preside el altar desde 1956
Entre las joyas de la cripta estan, el Cristo del buen Camino, talla en madera policromada del siglo XVIII que procede de la iglesia de Santa Maria. Y Nuestra Señora de la Flor de Lis; una de las imágenes más antiguas de la Virgen en Madrid
Tiene 18 capillas laterales. Algunas de ellas son:
Capill Virgen Vallivana 
Capilla de San Jose 
Capilla de la Encarnación de Ntro Señor 
Capilla de la Virgen del Rosario 
Capilla de la Encarnación de Ntro Señor 
Capilla de la Virgen de la Fe 
Coro de la Cripta 
Coro de la Cripta 
Capilla de la Aparición de la Virgen del Pilar al apostol Santiago 
Capilla de San Isidro y Santa maria de la Cabeza 
Capilla de la Sagrada Familia 
Capilla del Santisimo San Fernando III 
Capilla de la Virgen de la Soledad 
Capilla del Cristo de la Buena Muerte
La casa de Rafael 